La Scuola Superiore Santa Chiara é stata istituita nel 2004, a seguito di una sperimentazione quinquennale, dal Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca Scientifica.
La Scuola raccoglie le Scuole di Dottorato dell'Ateneo caratterizzate da elevati standard qualitativi, secondo la valutazione di un Comitato Scientifico composto da studiosi di fama internazionale.
La Scuola Superiore si articola in Progetti Multidisciplinari (Pro.M.), proposti da almeno tre Scuole di Dottorato e individua esperti in discipline emergenti (denominate Chair) che si trovano all'incrocio fra discipline già consolidate, rendendo più flessibile la divisione del lavoro nella ricerca e nella formazione scientifica.
Il Santa Chiara organizza dei corsi d'interesse comune per tutti i dottorandi e favorisce gli scambi internazionali nella formazione post-laurea.
I fellow della Scuola integrano le attività didattiche dei docenti delle Scuole di Dottorato e contribuiscono ad assistere i dottorandi nelle loro attività di ricerca.
La Scuola Superiore é dotata di due strutture residenziali: il Collegio Santa Chiara e il Refugio, situati nel cuore della città, dove sono ospitati i dottorandi dell'Ateneo, i visiting research students di altri Atenei, le chair e i fellow della Scuola e dove possono essere organizzati convegni scientifici e workshop.
Le strutture residenziali del Santa Chiara si propongono anche come centro d'aggregazione informale. E' possibile prenotare pasti presso la struttura ed organizzarvi incontri ed attività culturali.